Installer R et RStudio

Nous utiliserons le langage de programmation libre-accès R et l’environnement de développement intégré RStudio comme porte d’accès à R.

Installer R

Pour commencer, on installe la dernière version de R (la machine qui fait les calculs), actuellement 4.3.2 (Eye Holes).

  1. Allez sur le site du Comprehensive R Archive Network (CRAN): https://cran.r-project.org/
  2. Cliquez sur “Download R for XXX”, où XXX est Mac ou Windows:

Si vous utilisez macOS, faites défiler le menu jusqu’au premier fichier .pkg de la liste et téléchargez-le.

Si vous utilisez Windows, choisissez “base” (ou cliquez sur l’hyperlien en gras “install R for the first time”) et téléchargez le programme.

  1. Double cliquez sur le fichier de téléchargement. Approuvez toutes les requêtes, comme pour n’importe quel autre programme.

4a. Si vous utilisez macOS, téléchargez et installez XQuartz.

4b. Si vous utilisez Windows, téléchargez et installez Rtools

Installer RStudio

Une fois R installée, nous installerons une interface utilisateur graphique, RStudio, pour interagir avec R.

  1. Naviguez jusqu’à la section de téléchargements gratuits du site de RStudio: https://posit.co/download/rstudio-desktop/

Naviguez vers le tableau et choisissez la version de RStudio Desktop adéquate.

  1. Double-cliquez sur le fichier de téléchargement (potentiellement caché dans votre dossier de Téléchargements). Installez comme n’importe lequel autre logiciel.

Double-cliquez sur l’icône RStudio pour lancer l’application.

Installer tidyverse

Les paquets R sont faciles à installer avec l’interface graphique. Sélectionnez le panneau “packages”, cliquez sur “Install,” tapez le nom du paquet que vous voulez installer et appuyer sur la touche Retour.

Le paquet tidyverse est une collection d’une douzaine de paquets (incluant ggplot2 et dplyr) qui fonctionnent ensemble selon une syntaxe commune. L’installer (ou charger le paquet) inclura automatiquement toutes les dépendances associées

Notez que RStudio génère le code R pour l’installation: install.packages("tidyverse"). Vous pourriez utiliser directement cette fonction et faire copier-coller dans la console pour installer les paquets du tidyverse.

Installer Quarto

Quarto est un système de publication de documents sous formats (Word, PDF, html) qui combine un bloc d’instructions définissant les paramètres du document (YAML), de même que des blocs codes (R, Python, Julia, …) et des blocs textes (Markdown, avec support pour \(\LaTeX\)).

Vous pouvez installer Quarto en visitant le site du projet, en téléchargeant les fichiers d’installation

Une fois l’utilitaire installé, installez le paquet R quarto via

install.packages("quarto")

Installer LaTeX via tinytex

Quand vous créez un fichier Rmarkdown (.Rmd) ou Quarto (.qmd) pour créer un document reproductible qui inclut calculs et texte et que vous tricotez ce dernier en PDF, R utilise le programme de typographie scientifique LaTeX. L’installation la plus aisée pour ce dernier, si votre machine n’a pas déjà de suite LaTeX, est d’installer le paquet tinytex pour obtenir une version minimale qui prend moins d’espace.

Pour installer tinytex:

  1. Utilisez l’onglet Packages dans le panneau RStudio pour installer tinytex, comme n’importe quel autre paquet. Sinon, tapez install.packages("tinytex") dans la console.
  2. Exécutez tinytex::install_tinytex() dans la console.
  3. Attendez que le téléchargement soit complété. Vous devriez ensuite être en mesure de tricoter des documents PDF.